Комиссия за выдачу справки.

Нет не имеет, напишите жалобу в ЦБ.
Справка о полном погашении кредита – официальный документ, который подтверждает отсутствие задолженности по займу. Выдается банком. Справка должна содержать исходящий номер и дату ее формирования, печать кредитной организации, подпись банковского сотрудника, уполномоченного подписывать такие документы, а также сумму кредита и дату его погашения.

Стоит отметить, что любое финансовое учреждение обязано выдавать заемщику справку о полном погашении кредита. Причем клиент имеет право потребовать ее в любое время, а не только в день погашения займа. В ст. 408 ГК РФ сказано, что кредитор, принимая исполнение, обязан по требованию должника дать ему расписку в получении исполнения полностью или в соответствующей части.